การบริหารและดำเนินงานของคณะวิทยาศาสตร์เป็นความรับผิดชอบโดยตรงของคณบดี และมีรองคณบดีดูแลงาน 7 ฝ่าย ได้แก่ ฝ่ายวิชาการ ฝ่ายแผนพัฒนาและกายภาพ ฝ่ายวิจัยและวิเทศสัมพันธ์ ฝ่ายพัฒนาองค์กร ฝ่ายพัฒนานิสิต ฝ่ายบริการวิชาการ และฝ่ายกิจการพิเศษ และยังมีผู้ช่วยคณบดีในฝ่ายต่าง ๆ เพิ่มเติมด้วย[14]

ทั้งนี้ยังมีหน่วยงานสนับสนุนกลาง ได้แก่ สำนักงานเลขานุการคณะวิทยาศาสตร์[15] ทำหน้าที่ประสานงาน ดำเนินการ ติดตามประเมิลผล เพื่อให้นโยบายที่ผู้บริหารกำหนดไว้บรรลุตามวัตถุประสงค์ ซึ่งแบ่งออกเป็นหน่วยงานย่อย ได้แก่ หน่วยการเจ้าหน้าที่ หน่วยงานสารบรรณ หน่วยงานการเงินและบัญชี หน่วยงานพัสดุ หน่วยงานบริการการศึกษา[16] หน่วยงานนโยบายและแผนงานประกันคุณภาพ หน่วยงานวิเทศสัมพันธ์ ศูนย์บริการ ศูนย์เครื่องมือวิทยาศาสตร์ และศูนย์วิจัยนิวเคลียร์เทคโนโลยี[17]

นอกจากนี้การบริหารงานใน 13 ภาควิชา จะมีหัวหน้าภาควิชา[18]และรองหัวหน้าภาควิชาทำหน้าที่ในการบริหาร ได้แก่ภาควิชา คณิตศาสตร์ เคมี จุลชีววิทยา ชีวเคมี พฤกษศาสตร์ พันธุศาสตร์ ฟิสิกส์ รังสีประยุกต์และไอโซโทป วิทยาการคอมพิวเตอร์ วิทยาศาสตร์พื้นพิภพ วัสดุศาสตร์ สถิติ และสัตววิทยา[19]